La Academia Cristo Rey nace como una escuela parroquial en 1962 con el fin de colaborar con la parroquia en la formación cultural, humana y cristiana de la niñez y juventud proporcionando en la comunidad educativa un ambiente animado por el espíritu evangelizador de libertad y caridad. Desde su fundación fue dirigida por las Religiosas del Apostolado hasta el curso 1964 - 1965.

En el año 1965, toman la dirección de la misma las Hermanas Franciscanas de los Sagrados Corazones de Jesús y María.

En el año 1979 deja de ser escuela parroquial y pasa a ser parte de la Superintendencia de Escuelas Católicas.